與此同時,乾隆對青袞扎布的反叛尤其痛恨,他命成袞扎布為定邊左副將軍,出兵征討青袞扎布。在失去呼圖克圖和喀爾喀蒙古王公的支持後,青袞扎布孤掌難鳴,東奔西竄。
乾隆二十一年十一月,參贊大臣納穆扎爾追拿青袞扎布,在與俄羅斯交界的杭哈獎噶斯,與青袞扎布相遇。青袞扎布戰敗之後,被解送北京處死。
青袞扎布就擒後,乾隆改變了對喀爾喀的嚴厲態度,盡力拉攏,不但不追究呼圖克圖等王公的曖昧態度,反而有意將平叛之功記在他的呼圖克圖的帳上。
與此同時,乾隆也開始在喀爾喀地區設置庫倫辦事大臣,以加強清廷對該地區的管轄。這也是乾隆皇帝穩定邊疆局勢而採取的一個有力的措施。